印紙を貼り付けて印紙税を納付しなければならない課税文書について、印紙税を納付しなかった場合は、納付しなかった印紙税額の「３倍」に相当する額の過怠税が課せられます。
また、印紙を貼り付けただけで所定の方法で消印しなかった場合は、消印しなかった印紙の額面金額に相当する額の過怠税が課せられることとなります。
自ら印紙税の納税を怠っていたとして所轄の税務署長に対して印紙税を納付していない旨を申し出た場合（自己申告）で、かつ、印紙税についての税務調査があったことにより申し出に係る課税文書について過怠税の決定があることを予知してなされたものでないときは、印紙税の額の１０％が過怠税となります。
当然のことですが、これら印紙税の過怠税は、損金として処理することはできません。
印紙税を故意により納付しなかった場合は、印紙税法違反として刑罰が科されます。
刑罰の最高は、１年以下の懲役または２０万円以下（情状により２０万円を超える場合もあります。）の罰金です。
印紙税の怖いところは、税務調査で発覚した１件に問題が留まらないということです。
つまり、一事が万事ではないですが、場合によってはすべての文書に税務調査が及ぶことがあります。
１つの営業所や支店で発覚した場合は、全国に波及する可能性があるのです。
契約実務において、印紙税について慎重を期す必要があるのはこのためなのです。