合同会社は、日本版ＬＬＣ（Limited Liability Company）ともよばれ、従来の有限会社よりも柔軟な機関構造になっています。
対外的には社員（株式会社でいう「株主」にあたります）の有限責任（出資の額の範囲に限定された責任をいいます）が認められる点で株式会社と類似しますが、会社の内部関係については組合的規律が適用されます。
つまり、内部的には合名会社や合資会社と同様に、公序良俗や強行法規に違反しない限り役員の権限や利益配分等について定款で柔軟に定めることが広く認められます。
そのため、「高度の技術」や「特殊な特許」を有する個人やベンチャー等が発展性のある新事業を積極的に展開する際に、非常に効果的な会社類型といわれています。
特に合名会社・合資会社を選ばずに社員として有限会社の恩恵を受けながら、同時に株式会社に義務付けられている決算広告を拒みたいという場合は、合同会社は効果的です。
なお、合同会社には、残念ながら有限責任事業組合（ＬＬＰ）に適用される「パス・スルー課税」が適用されません。
しかし、合同会社にはこの便利なパス・スルー課税は認められませんが、それでも合同会社の機関構造は極めて柔軟であり、その柔軟性は非常に魅力的なものといえます。